Die junge Maria Magdalena (Rooney Mara) arbeitet in einem Fischerdorf als Geburtshilfe. Ihr Vater will seine Tochter so schnell wie möglich verheiraten, doch die sträubt sich gegen die Fesseln der Ehe und fällt damit in ihrer Heimat in Ungnade. Sie lässt ihre Arbeit, ihr Zuhause und ihre Familie zurück, um sich einer radikalen sozialen Bewegung anzuschließen, die von dem charismatischen Jesus of Nazareth (Joaquin Phoenix) angeführt wird. Dieser sichert Maria zu, dass die Welt sich im Wandel befindet, was ihr gerade recht kommt, denn ihr ganzes Leben lang litt sie unter althergebrachten Hierarchien. Als einzige weibliche Jüngerin Jesu geht sie mit dessen Gefolgschaft, in der sich unter anderem Petrus (Chiwetel Ejiofor) und Judas (Tahar Rahim) befinden, auf eine spirituelle Reise zum Passahfest nach Jerusalem...