Im Jahr 1559 wird Maria Stuart (Saoirse Ronan) mit 16 Jahren zur Königin von Frankreich und als nur zwei Jahre später ihr Ehemann Franz II. stirbt und sie zur Witwe wird, weigert sie sich, erneut zu heiraten. Stattdessen beschließt sie, in ihre Heimat Schottland zurückzukehren und den Thron zu besteigen, der rechtmäßig ihr gehört. Doch die schottische Krone trägt mittlerweile Elisabeth I. (Margot Robbie), die zugleich auch Königin von England ist und den Thron keineswegs an ihre Rivalin abtreten möchte. Es kommt zu einem Machtkampf zwischen den beiden Monarchinnen, der eskaliert, als Maria beschließt, ihren Anspruch auf den englischen Thron geltend zu machen. Doch beide Königinnen werden auch in die zahlreichen politischen Intrigen und bewaffneten Konflikte ihrer Zeit verwickelt …