Wie auf einem präzise geführten Rundgang eröffnet Archiv der Zukunft einen seltenen Blick hinter die Kulissen des Naturhistorischen Museums in Wien. Die Kamera folgt dem Geschehen in Räumen, die dem Publikum sonst verborgen bleiben: Ein kürzlich verstorbener Löwe wird zur Präparation angeliefert, ein Dinosaurierskelett neu ausgerichtet, die Venus von Willendorf digitalisiert, ein prähistorisches Grab rekonstruiert. Zwischen Pinzetten, Sägen und DNA-Proben entwirft Regisseur und Kameramann Joerg Burger ein fein beobachtetes Porträt des Museums als Ort des Übergangs – zwischen Objekt und Wissen, Forschung und Deutung, Vergangenheit und Zukunft. Und schließlich wird auch die Spezies Mensch selbst zum Objekt der Betrachtung.