Die Welt hat sich verändert, seit wir den Agenten mit Amnesie, Jason Bourne (Matt Damon), in „Das Bourne Ultimatum“ (2007) gesehen haben: Die durch Edward Snowden aufgedeckten Geheimdienstüberwachungen unbescholtener Bürger haben das Vertrauen in Regierungen gemindert und die Nachrichtendienste für Leaks sensibilisiert. Als die CIA um brisante Daten erleichtert und die Lage mit der Warnstufe „könnte schlimmer sein als bei Snowden“ beschrieben wird, gerät Bournes alte Verbündete Nicky Parsons (Julia Stiles) ins Visier des Geheimdienstes – der erfahrene CIA-Chef Robert Dewey (Tommy Lee Jones) treibt seine Leute an, Nicky unbedingt zu finden. Von der Cyber-Spezialistin Heather Lee (Alicia Vikander) vom Monitor aus beobachtet, tut sich Nicky wieder mit dem ebenfalls untergetauchten Bourne zusammen. Sie warnt ihn vor einem neuen Agenten-Programm, das viel gefährlicher ist als das, in dem Bourne ausgebildet wurde. Was beide nicht wissen: Längst werden sie nicht nur überwacht, sondern auch von einem Auftragskiller (Vincent Cassel) verfolgt…